学院拥有福建福建省农村污水处理与用水安全工程研究中心、福建省生物技术重点实验室、厦门市膜技术研发与应用重点实验室、厦门市水资源利用与保护重点实验室等4个省市级科研平台，以及中央地方共建“固体废物生物处置实验中心”、“水环境污染控制系统工程实验中心”、中加联合膜技术教学与研究中心等优质资源。2018年获得福建省科技进步二等奖（第一完成单位），2015、2017年分获厦门市科技进步二等奖（第一完成单位），2014、2018年分获福建省教学成果一、二等奖。环境工程专业于2018年通过中国工程教育专业认证。现有硕士生导师8人，中组部首批千人计划人才1人，国家973首席科学家1人，“长江学者”2人，国家杰出青年科研人才2人，“闽江学者”1人，福建省高校新世纪优秀人才2人。其中高级职称占50%，具有博士学位的占100%，具有留学经历和工程背景的占80%。
环境工程于2008年与华北电力大学联合培养硕士研究生，2012年与桂林理工大学联合培养硕士研究生，目前已联合培养多届硕士研究生。本领域现有校企联合培养基地包括厦门水务集团有限公司、厦门市环境监测中心站等企事业单位20余个，企业导师30余名，其中教授级高工3人。近三年毕业生一次性就业率为92%以上，毕业生多在福建环保企事业单位就业，用人单位满意度调查均达到90%以上。
本领域主要面向环境工程、水务工程、环境科学、环境管理、水文与水资源工程、应用化学、生态学、材料化学、给排水科学与工程等专业招生硕士专业学位研究生。
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